「by」の基本的なイメージは「・・・に近接して」です。「・・・のすぐそばに」「・・・の近くに」「・・・の横に」等の日本語が対応します。「near」よりも接近した地点を指します。「live by the river」ならば「川の見えるところ」が含意されますが、「near」は必ずしもそうではありません。
The telephone is by the window. (電話は窓の近くにあります)
Come and sit by me.(来て私のそばに座りなさい)

次は「・・・のすぐそばを通り過ぎて」のイメージです。
He walked by me without speaking.(彼は黙って私の横を通り過ぎた)

次は「・・・を通って」のイメージです。
They came by Route 17. (彼らは17号線を通ってやって来た)

「by」は「・・・に近接して」が基本的なイメージですが、このイメージが発展して「場所」を表す以外に多様な使い方がされますが、例文のみ掲載しておきます。

He was knocked down by a bus.(彼はバスにはねられた)⇒動作主を表す
The house is heated by gas. (その家はガスで暖房されている)⇒手段を表す
to travel by boat / bus / car / plane⇒交通手段を表す
They met by chance. (彼らはたまたま出会った)⇒何かの結果を表す
I’ll have it done by tomorrow.(明日までにはそれをやっておきます)
to travel by day / night (昼・夜旅行する)
House prices went up by 10%. (住宅価格は10%上がった)
By my watch it is two o’clock. (私の時計では2時です)
I took him by the hand. (彼の手を捕まえた)⇒「私は彼を捕まえた、手のあたりで」
We rented the car by the day.(その車を日借りした)
They’re improving day by day. (彼らは日に日に上達している)
He’s German by birth.(彼は生れはドイツです)
I swear by Almighty God …(全能の神に誓って・・・)
The room measures fifteen feet by twenty feet.(部屋は15X12フィートです)
6 multiplied by 2 equals 12(6X2=12)